中華民國海關
民國66年（1977）1月1日啟用 2：3
海關旗即財政部關務署旗幟，黃、綠兩色為我國海關傳統色彩，黃代表稽徵關稅，綠代表查緝走私。中央圓形圖案為海關關徽，關徽中央為國花梅花，上方燈塔代表海關前程遠大，管理燈塔也曾為海關執掌一百多年的業務；下方天平表示公平公正；左方「財」字標誌代表海關隸屬財政部及稽徵關稅之主要業務；右方鑰匙代表把守國家大門，主管貨物、旅客進出國境業務，也代表關員運用智慧執行查緝，搜尋、啟開私梟匿藏私貨之密窩。
國旗
海關艦艇航行時，主桅懸掛國旗，固定尺寸 96×64 公分（五號）。
艦艏旗
與海關旗同式。艦艇錨泊時懸掛於艦艏旗桿，固定尺寸 96×64 公分，實施於民國66年（1977）1月1日。
艦艉旗
與國旗同式。艦艇錨泊時懸掛於艦艉旗桿，固定尺寸 144×96 公分（正六號），實施於民國64年（1975）11月1日。
艦長旗
圖：本站自繪
與海軍長旒相同。艦艇錨泊且艦長在船上時懸掛於主桅，固定尺寸 144×14.4 公分。
財政部長旗
圖：本站自繪
財政部長蒞臨艦艇時，主桅艦長旗換為財政部長旗，固定尺寸 160×115.5 公分。
關務署長旗
圖：本站自繪
關務署長蒞臨艦艇時，主桅艦長旗換為關務署長旗，固定尺寸 132.5×84 公分。
民前45年
圖：本站自繪
中國最早的海關機構稱為「海關總稅務司署」，首長職稱為「海關總稅務司」。民前45年（清同治6年、1867），當時的總稅務司赫德（Robert Hart），也是中國第二任總稅務司，決定使用第一任總稅務司李泰國（Horatio Nelson Lay）設計的綠底黃Ｘ旗為海關旗。
民前39年
民前39年（清同治12年、1873），清廷另定黃底青龍旗為海關旗。
北洋政府
圖：本站自繪
民國元年（1912）12月16日，北洋政府以國旗五色旗旗角加上綠底黃Ｘ旗為海關旗。
民國18年1月24日
圖：本站自繪
民國18年（1929）1月24日總稅務司梅樂和（Frederick William Maze）發布第三八四八號通令，定海關旗為國旗加上關徽（圓形綠底黃Ｘ）。
民國20年2月20日
圖：本站自繪
民國20年（1931）2月20日，改以國旗加上綠色水波紋為海關旗，64年（1975）10月30日停用。
此時雖然不以綠底黃Ｘ旗為海關旗，但仍為艦艏旗直到民國66年（1977）1月1日。
民國66年1月1日迄今
李國鼎擔任財政部長時，認為Ｘ旗形似此路不通，與當時政府推動加速進出口貨物通關的便民精神不合，於是於民國64年（1975）公開甄選新關旗及關徽。民國65年（1976）12月30日以臺字六八一號通函發布現行關旗、關徽，民國66年（1977）1月1日生效。
民國80年（1991）2月1日，「海關總稅務司署」改制為「財政部關稅總局」，首長職稱「海關總稅務司」改為「關稅總局總局長」。民國102年（2013）1月1日，關稅總局與關政司合併為「財政部關務署」，局長改稱「署長」。
艦艏旗
民國66年（1977）1月1日前的艦艏旗，即第一代海關旗，艦艇錨泊時懸掛於艦艏旗桿，固定尺寸 96×64 公分。
艦艉旗
民國20年（1931）2月20日至64年（1975）10月30日的艦艉旗，亦是同時期的海關旗，艦艇錨泊時懸掛於艦艉旗桿，固定尺寸 144×96 公分。
總稅務司旗
民國18年（1929）1月24日總稅務司梅樂和發布第三八四八號通令啟用，海關總稅務司蒞臨艦艇時懸掛於主桅，今日改用於代表財政部長。民國18年發布時縱橫比例為三比四，今日固定尺寸 160×115.5 公分。
財政部長旗
圖：本站自繪
民國18年（1929）的《各項船舶旗幟圖》規定的「行政長官旗」，為代表高階文官的船旗，海關用於代表財政部長，部長蒞臨艦艇時懸掛於主桅，固定尺寸 144×96 公分。今日全國各領域皆不再使用此旗。
總統旗
圖：本站自繪
總統蒞臨艦艇時懸掛於主桅。今日已改制為統帥旗，僅用於軍方。
地方海關旗
圖：本站自繪
清朝各地方的海關單位旗幟為海關旗左側書寫單位名稱，上圖以上海的江海關為例。
理船廳旗
圖：本站自繪
理船廳旗幟則於海關旗左側書寫理船廳三字，再於右側加上紅色雙錨。